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如何评价三款问世的国产测序仪（华大BGISEQ500，中科紫鑫BIGIS，华因康PSTAR-II）？

如何评价三款问世的国产测序仪（华大BGISEQ500，中科紫鑫BIGIS，华因康PSTAR-II）？

2 个回答

  • 七轮 | 2017-10-18 06:38:54

    对比一下:
    GS FLX Titanium （454）: 通量700M，读长700～1000bp. 特点：高精度，昂贵，衰落中。
    Illumina HiSeq 2500: 通量1T，读长2x250bp。更先进的HiSeq 4000等一系列测序仪已经上市了。Illumina的特点：昂贵，笨重，强大，缓慢。
    Ion Proton™：通量10G, 读长200bp. 特点：便宜，轻巧，快速，商业模式（卖服务和试剂）。
    PacBio RS II : 通量500M~1G, 读长5k~40k. 特点：读长，测序无碱基偏好性; 但通量是硬伤。

    显然易见，就功能上讲，这些国产测序仪完全不能与主流测序仪相抗衡。但测序仪也不能简单的以通量作为唯一的评价标准。比如说，对于医院和中小型研究所来说，大型的Illumina HiSeq完全没有竞争力。相反，低通量、快速又廉价的Ion Proton是个更好的选择。再比如说，人类单基因疾病筛查和诊断并不需要太长的读长，PacBio RS II在这里就没有竞争力。因此，无论Illumina，Ion Proton还是PacBio， 都开发了各种大型测序仪和小型测序仪，在各个方面展开白刃战。那么，国产测序仪有没有可能在成本和灵活性上高出外国测序仪呢？
    首先说中科紫鑫的BIGIS-I系统。百度搜索映入眼帘的是中科紫鑫|做中国人自己的测序仪!，十足的民族主义范。中科紫鑫自己声称“达到并部分超越国际主流设备技术指标”， 可惜的是，链终止法是早已过时的东西，454在国外已经停产了。我可不信中科紫鑫拿外国淘汰的技术可以作出好东西。而且BIGIS的读长根本达不到1000bp, 勉强达到了500bp。所以说，他们宣传的东西根本不可信。参见http://www.cas.cn/ky/kyjz/201109/P020110922544469154734.pdf
    关于华因康的测序仪，没有找到任何技术资料。不过读长10～30bp, 真没有太多用处。产品介绍页面介绍产品重要性能参数时，赫然写着”短信通知和远程桌面功能“，”造型简单时尚搭配更加合理的人机界面颇具科技感“，你卖手机的啊？
    BGI测序仪，东家，不评价。
    我以为，如果中国真的想做好测序仪，在外国人的屁股后面跟着跑是毫无用处的，中国需要弯道超车。比如说，纳米孔测序发展一直不顺, 但仍然是有较大潜力的，比如DNA sequencing improved by slowing down，中国可以在这方面增加些投资。

    本问答由七轮提供

  • 七轮 | 2017-10-18 06:24:26

    百姓知道首答。

    目前除了华大的测序仪是有公开发表的论文外，其他国产测序仪尚无论文来具体说明其实际表现。而公司自己的说法往往带有广告性质，不可全信。例如华大当初发布Revolocity时就反复强调其通量巨大、一体化测序，而淡化了其读长短的缺点。所以当前的评价，肯定是猜测居多。

    这些国产测序仪都是二代。二代测序技术分为两类，一类是边合成边测序（sequencing by synthesis,SBS），一类是边连接边测序（sequencing by ligation,SBL）。国外二代测序仪中，Roche 454、Illumina HiSeq/MiSeq/NextSeq、Ion torrent/proton都是SBS，而SOLiD是SBL。SBL的主要缺点是读长短，这几乎是原理决定的。

    华大的测序仪技术收购自美国Complete Genomics公司，称为cPAL，是一种SBL技术。Revolocity测序仪基于该技术，读长28 bp。我猜测华大也意识到了SBL读长没法有质的突破，于是扬长避短，把Revolocity的通量搞得特别大。我觉得这个路子是对的。但最近发布的BGISEQ500据说是桌面化、灵活型测序仪，就不知道是什么发展策略了。等ICG10的消息吧。

    中科紫鑫的测序仪是仿Roche 454的。这个百姓知道以前有讨论：怎么评价中科紫鑫的国产BIGIS测序仪？ - 中国科学院。其实BIGIS测序仪也有论文发表（应用BIGIS-4 测序系统完成Glaciecola mesophila sp. nov.的全基因组测序和组装），但考虑到这个杂志……我个人倾向于忽略掉。

    华因康的测序仪是仿SOLiD的，属于SBL，所以读长也上不来。

    题主提到“CFDA突然发文说三甲医院及其服务项目只许用国产仪器这种狗血剧情”……这个也是贸易保护主义。毕竟Illumina已经成长为行业巨头，每年研发经费数亿美元，先后搞死搞残了数家测序仪公司，Roche想收购还被傲娇地拒了。如果没有国家政策保护，中国测序仪公司不可能与之抗衡，无论是经费上、技术上还是商业上。

    但我总在想，除了华大，其他两家仿来仿去的，以后真不会有专利官司？

    本问答由七轮提供

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